Pacientul poate fi culcat pe un pat sau pe o masă de masaj, acoperit, într-o poziție confortabilă, dar tratamentul Bowen se poate aplica și unui pacient așezat pe scaun.

Un tratament constă în aplicarea unor mișcări delicate, efectuate cu degetele, pe anumite puncte specifice, asupra mușchilor și țesutului conjunctiv, fie direct pe piele, fie peste o îmbrăcăminte ușoară. Prin aplicarea acestor mișcări se transmit mesaje prin intermediul sistemului nervos, recuperând memoria celulară a unei stări ideale de relaxare și echilibru.

 Între fiecare dintre seturile de mișcări există câteva minute de pauză, în care pacientul se odihnește, singur. Organismul său are astfel timpul necesar pentru a prelucra mesajele declanșate de mișcările Bowen și a iniția procesul de vindecare.

Rezultatele pot fi remarcabile chiar de la prima ședință, procesul de auto-vindecare derulandu-se și pe parcursul zilelor următoare.

Tratamentele se aplică, de regulă, la interval de șapte zile. De cele mai multe ori, sunt necesare doar câteva ședințe de tratament, în cazul afecțiunilor acute.

 Terapeutul se poate concentra pe o problemă specifică sau se poate adresa organismului ca un întreg, într-o mainera holistică.

Spre deosebire de celelalte terapii manuale, Tehnica Bowen nu folosește manipulări în forță. Terapeutul nu forțează organismul pacientului să execute o comandă, ci permite acestuia să întreprindă acele acțiuni necesare pentru a se auto-vindeca, în propriul său ritm.